针对原水含有细菌及微生物或已有微生物滋长的反渗透预处理系统设计
在反渗透给水系统上间断投加被允许使用的非氧化性化学杀菌剂， 如投加英国 TRISPE 公司的 PT-ROBIO911 或性能等同的其它非氧化性化学杀菌剂。
在反渗透预处理系统中增设紫外线消毒工艺。
在预处理系统中增设微滤或超滤工艺。
优化反渗透装置的结构设计，减少微生物的孳生地带；如在反渗透装置配管设计时，尽量减少水流死角； 再如在设计系统连接管道时，尽量减少在停机时造成部分管道局部积水状态的高-低-高形式的设计和连接；在适 当的管道低段增设排放阀等。
在处理湖、河及海水时，在预处理系统中设计投加硫酸铜(0.1PPM)工艺, 以控制微生物、藻类的生长和 污染。 一般说来，反渗透系统要求原水细菌总数要控制在 10000cfu/ml 以下。
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